Пассивный портфельный инвестор покупает фонды облигаций и не имеет подобных проблем и вопросов. Если вы не можете ответить на такие вопросы самостоятельно — поступайте как пассивный портфельный инвестор.

Думаю, надо идти по пути наименьшего числа операций, соответственно меньшего количества комиссий.

Прежде всего следует стараться избегать продаж, поскольку любые продажи приводят к фиксации прибыли и возникновению базы для налогообложения. Поэтому если ребалансировку можно сделать без продаж, ее лучше делать без продаж, покупкой на новые вносимые средства, реинвестированием дивидендов, купонов и т.п.

Лучше всего временно держать их в фонде денежного рынка (рублевом или валютном — в зависимости от того, доходность в какой валюте вам нужна). Но это только если только издержки на брокерские комиссии не превысят потенциальную доходность от фондов. Это надо считать для конкретного случая.